臺灣大學歷史系、歷史研究所畢業,美國普林斯頓大學博士。2004年當選中研院院士,2005年獲選英國皇家歷史學會會士。曾任中央研究院歷史語言所所長、中央研究院副院長、代理院長,現任臺灣綜合大學系統主席。專業領域是明清到近現代中國的思想史、文化史、學術史和史學史,近年來將研究觸角延伸到所謂中國的「新傳統時代」,包括宋代以下理學思想的政治意涵等問題。著有《章太炎的思想》、《古史辨運動的興起》、Fu Ssu-nien: A Life in Chinese History and Politics、《中國近代思想與學術的系譜》、《晚明清初思想十論》、《權力的毛細管作用:清代的思想、學術與心態》、《執拗的低音:一些歷史思考方式的反思》;《思想是生活的一種方式:中國近代思想史的再思考》等書。